本管理處依農田水利法規定設置處長1人統籌全處業務，下設一級主管副處長、專門委員及主任工程師，分設4組4室分工協助業務推展，為便於農民與本處溝通聯繫於各地區分別設立8處水利工作站，提供在地服務及事業區域管理。

本處設有管理組、總務組、財務組、工務組，人力資源室、主計室、輔導室、資訊室

水利工作站之地區為新城工作站、吉安工作站、壽豐工作站、鳳林工作站、光復工作站、瑞穗工作站、玉里工作站、富里工作站

一、依法令綜理處務。

二、指揮監督所屬員工及事業單位。

三、執行農田水利署交辦事項。

一、襄助處長處理處務。

二、綜核文稿及重要業務之擬辦。

三、有關業務之聯繫與協調及重要交辦案件之核辦。

四、業務考核與改進事項。

五、綜理協調跨組室之綜合事項。

六、處長之交辦事項。

一、協助處長處理工程及管理方面技術性業務。

二、水源運用及灌溉管理之督導及研究事項。

三、工程之規劃、設計及營運之督導事項。

四、審核工程計畫、設計、工程施工品質、進度之考核及督導事項。

五、工程經費之編擬及工程招標、開標之督導事項。

六、水源開發及農田水利事業效益之研究發展事項。

七、處長之交辦事項。

分灌溉股、督導股，辦理水資源開發、調配、營運、水質監測及檢驗、灌溉地管理及水利設施維護、災害搶修、基層水利小組業務與抽水機維護管理及辦理旱作灌溉推廣等事項。

分設計、工事股等2股，辦理辦理水利設施之興辦、改善、修復等工程之 規劃、測量、設計、考工、工事、驗收等事項。

分文書股、事務股，辦理文書、出納、事務管理、印信典守、農田水利事務諮議會議事等事項。

辦理農田水利事業作業基金非設施使用資產活化、收益等費用收與房地產管理、處分及年度財務計畫、調度等事項。

辦理組織、員工任免、待遇、福利、考核、獎懲、勤惰、訓練、退休、撫卹等事項。

辦理編製年度預、決算，審核會計憑證，會計簿籍登記、使用與保管，報表及統計資料彙編陳報。

辦理公務機密維護、政風法令宣導、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉案件，維護機關設施安全及協助處理陳情請願事項。

本處資訊室辦理資訊業務整體規劃、系統開發、教育訓練、資訊資源管理、協調及維護工作等事項。

一、小給水門、小排水門以上灌溉排水設施之維護、管理、歲修、改善、水利妨害之取締及防汛之搶險。

二、小給水門、小排水門以上引水、輸水、分水之管理及調節。

三、水利小組工作之指揮考核。

四、水利糾紛之協調處理。

五、水利政令及灌溉制度之推行。

六、灌溉水質之監視處理。

七、灌溉計畫之擬訂及執行。

八、灌溉排水面積及其地籍資料之調查。

九、灌溉管理組織交辦事項。